Pada 2006 muncul kembali generasi keempat, dengan sistem pembakaran injeksi, yang menjadikannya pioneer motor injeksi pertama di Indonesia.
Selain itu juga Honda Supra tetap meluncurkan Honda Supra Fit sebagai pilihan yang lebih murah.
Supra Fit di tahun 2006 ini lahir dengan bodi yang cukup besar dari sebelumnya. Tetapi untuk berbeda dengan Honda supra injeksi, Honda supra fit masih menggunakan karburator dengan mesin jadul yakni C100.
Generasi Supra X 125 injeksi ini pun hadir dalam berbagai model selama beberapa tahun. Mulai dari Supra X 125 R di tahun 2008 yang lebih tinggi dari generasi sebelumnya.
Kemudian Honda juga menghadirkan Supra X Helm In di tahun 2011 dengan bagasi yang luas. Saat ini Honda Supra dijual dalam pilihan Supra X 125 CW Facelift dan Honda Supra GTR150.
Honda Supra X 125 CW Facelift merupakan penyegaran tampilan dengan beberapa fitur tambahan seperti soket daya 12 V di bagasi.
Sedangkan Honda Supra GTR 150 merupakan motor bebek sport bermesin 150 cc DOHC yang sangat tangguh di jalan raya dan Kali ini Honda mengenalkan Honda Supra 125 Matic yang akan rilis di tanah air.